Az Eötvös Loránd Tudományegyetem történelem tanszékei 1999 őszén határoztak a Történeti Intézet felállításáról. Az intézet működését 2000-ben kezdte meg. Első igazgatójának a tanszékcsoportot 1994-től irányító Izsák Lajost választották, aki 2008-ig, Borsodi Csaba megválasztásáig látta el az igazgatói feladatokat. A Történeti Intézetet jelenleg Horn Ildikó vezeti.

Tizenegy tanszékünkkel és több mint száz munkatársunkkal (oktatók, professor emeritusok, tudományos munkatársak, óraadók, adminisztrációs munkatársak) mi vagyunk az ELTE Bölcsészettudományi Kar legnagyobb létszámú intézete. Tizenegy tanszékünk két csoportba osztható. 

Egyfelől rendelkezünk öt kronológiai alapon szervezett tanszékkel. Ezek az Ókortörténeti Tanszék, a Középkori Történeti Tanszék, a Kora Újkori Történeti Tanszék, az Új- és Jelenkori Magyar Történeti Tanszék, valamint az Új- és Jelenkori Egyetemes Történeti Tanszék.

Másfelől rendelkezünk további hat tanszékkel, melyek a kronológiai helyett tematikus rendezési elv szerint szerveződtek. Ide tartozik a francia Annales-iskola szellemiségében működő Atelier Interdiszciplináris Történeti Tanszék, melyet a társadalom-, kultúra- és gazdaságtörténeti, valamint a historiográfiai beállítottság, az elméleti-módszertani igényesség, az interdiszciplináris, probléma-orientált megközelítés jellemez. Az európai társadalmak, gazdasági folyamatok és kultúrák történetével foglalkozó Gazdaság- és Társadalomtörténeti Tanszék. A Művelődéstörténeti Tanszék, amely kultúrtörténettel, a mindennapi élet történetével és az életmód történeti jellegzetességeivel foglalkozik. A Kelet- és Közép Európa Története és Történeti Ruszisztikai Tanszék, melynek meghatározó profilja Közép- és Kelet-Európa története, kiemelt figyelmet fordítva az orosz nép és kultúra kutatására. Ide tartozik továbbá a Történelem Segédtudományai Tanszék és a Digitális Bölcsészet Tanszék.

Az ELTE BTK Történeti Intézetet 2022-ben a Magyar Tudományos Akadémia MTA Kiváló Kutatóhelynek minősítette.